מרכז אלו״ן לנוירופדגוגיה מקדם שיתופי פעולה עם משרד החינוך, רשויות מקומיות, בתי ספר, מוסדות אקדמיים ויוזמות חדשנות חינוכיות, במטרה לחבר בין המחקר לבין העשייה החינוכית. באמצעות הכשרות, פיתוח מקצועי, ליווי תהליכים, מחקר יישומי ופיתוח משותף של תוכניות וכלים, פועל המרכז להטמעת ידע עדכני ממדעי המוח בתהליכי הוראה, למידה והערכה.
אנו רואים בשדה החינוכי שותף פעיל ליצירת ידע. לכן, שיתופי הפעולה של המרכז מבוססים על דיאלוג מתמשך בין חוקרים, אנשי חינוך ומקבלי החלטות, מתוך תפיסה שלפיה חדשנות חינוכית משמעותית צומחת מתוך מפגש מתמיד בין מחקר, ניסיון מקצועי ואתגרי השטח.